窗口办理流程：
第一步：申请人到县级预防接种异常反应补偿办公室（疾控机构）窗口递交申请材料。
第二步：窗口预审材料，不符合法定形式或非职权范围的不予受理，并出具《不予受理通知书》；材料不全或不符合规定形式的，一次性告知需补正的全部内容并出具《申请材料补正通知书》；材料齐全且符合规定格式的则受理申请，并出具受理回执。
第三步：地级以上市卫生健康行政部门在收到县级卫生健康行政部门审核意见后再审核，并将审核结果上报省卫生健康委审核认定。
第四步：省卫生健康委应当在收到地级以上市卫生健康行政部门复审意见后审核认定并将结果送达地级以上市卫生健康行政部门，并抄送省财政厅。
第五步：地级以上市卫生行政部门收到审核认定结果后将审核结果送达县级卫生行政部门。
第六步：县级卫生健康行政部门收到省卫生健康委的审核结果认定后，通知受种者或者其法定监护人、法定继承人签订补偿协议书。协议书应明确预防接种基本情况、预防接种异常反应调查诊断或鉴定结论、伤残程度等级、补偿金额、补偿费用收款人账户（收款人为受种人或者其法定监护人、法定继承人）和为及时救治患者而先行垫支相关费用的单位账户号和金额，责任和义务，并由受种者或者其法定监护人、法定继承人在协议书上签名。预防接种异常反应发生后为及时治疗患者，相关单位垫支的费用应在一次性补偿费中扣除。
第七步：县级卫生健康行政部门与受种者或者其法定监护人、法定继承人签订补偿协议书后，7个工作日内将补偿协议书报送地级以上市卫生健康行政部门。
第八步：地级以上市卫生健康行政部门在收到补偿协议书并审核无误后，将审核后的补偿协议书报省卫生健康委，省卫生健康委在收到后审核确认并将一次性补偿费用支付到县级卫生健康行政部门。
第九步：县级卫生健康行政部门收到一次性补偿费用后，将一次性补偿费用支付到收款人和垫支单位账户。