网上办理流程：
1.申请：所有申请人均应通过网上办事大厅提交申请。来现场提交申请材料的应当场告知申请人。申请人通过网络、信函或传真提交行政审批申请的，办证大厅应与申请人取得联系，并以短信的方式告知申请人通过网上办事大厅提交申请。
2.受理：自网上办事大厅收到申请材料之日起1个工作日内，依据申请材料形式标准和申请材料目录，对申请人所提交的申请材料的准确性和完整性进行审查。申请材料符合受理条件的，办证大厅应予以受理，并出具受理决定书，同时以短信形式通知申请人，由申请人自行在网上办事大厅打印。申请不被受理的，办证大厅应出具不予受理决定书，同时以短信形式通知申请人，由申请人自行在网上办事大厅打印。不予受理决定书的内容应包括不予受理的理由。因申请人材料不齐全或不符合法定形式而需申请人补正申请材料的，受理人应当要求申请人在3个工作日内一次性予以补正。
3.审查：县卫生健康局受理后,经过书面审查、实地核查（增加诊疗科目、增加床位（牙椅）、变更执业地址（含迁址、增址））、处领导审核审批等节点，于5个工作日内审查完毕（该时限不含实地核查时间）。
4.决定：县卫生健康局自收到审查结论之日起1个工作日内作出通过或不通过的行政审批决定。如作出不通过的行政审批结论，应列出明确的理由。
5.证件制作：审批决定作出后，办证大厅应于5个工作日内制作《医疗机构执业许可证》或《不予行政许可决定书》，盖好公章。
6.审批结果：自决定作出之日起5个工作日内系统在广东省卫生计生委网上办事大厅网站（网址：http://wsbs.gdwst.gov.cn）自动生成审批结果，并主动公开。

窗口办理流程：
1．诊所筹建：按《中医诊所备案管理办法》《中医诊所基本标准》要求建设中医诊所（建设前可向县（区）级中医药部门咨询政策）。
2．备案申请：诊所建设完毕后，根据申请业务所需的资料清单准备资料，相关人员或部门签字、盖章，向拟举办诊所所在地县级中医药主管部门提出备案申请。
3．领取备案证：县级中医药主管部门收到备案材料后，对材料齐全且符合备案要求的予以备案，并当场发放《中医诊所备案证》；材料不全或者不符合备案要求的，应当当场或者在收到备案材料之日起五日内一次告知备案人需要补正的全部内容。
4．信息公开：县级中医药主管部门在发放《中医诊所备案证》之日起二十日内将辖区内备案的中医诊所信息在其政府网站公开，便于社会查询、监督，并及时向上一级中医药主管部门报送本辖区内中医诊所备案信息。 5．现场核查：县级中医药主管部门自中医诊所备案之日起三十日内，对备案的中医诊所进行现场核查，对相关材料进行核实，并定期开展现场监督检查。