网上办理流程：
1.申请
申请人登录服务外包及软件出口信息管理应用系统（网址：http://fwwbqy.fwmys.mofcom.gov.cn）填报合同信息。同时通过广东省政务服务网深圳市查询申请事项后点“在线办理”，填写申报信息提交审核。提交后选择邮寄或前往市行政服务大厅西厅综合窗口提交申请材料。
2.受理
窗口收文人员核验申请材料，当场做出收文决定。申请人符合申请资格，并材料齐全、格式规范、符合法定形式的，出具《收文回执》；申请人不符合申请资格或材料不齐全、不符合法定形式的，收文人员不予收文。
3.审核（1个工作日）
审查人员对材料进行审查。符合申请条件、材料齐全的，在1个工作日内提出审核意见。申请材料不齐的，应在审查日内一次性告知申请人补齐申报材料，出具《补交告知通知书》。逾期告知的，自收文时起计算办理时限。申请人按要求补正后重新受理审查，自补交材料之日起重新计算办理时限。
4.审批（1个工作日）
审批人员自收到上报材料之日起1个工作日内做出审批决定。
5.办结（1个工作日）
自批准之日起1个工作日内出具《软件出口合同登记证书》。
6.送达
申请人按约定的方式到市行政服务大厅西厅综合窗口自取或以邮寄的方式领取办理结果。

窗口办理流程：
1.申请
（1）在线申请。申请人登录服务外包及软件出口信息管理应用系统（网址：http://fwwbqy.fwmys.mofcom.gov.cn/login.html）填报合同信息。同时通过广东省政务服务网深圳市查询申请事项后点“在线办理”，填写申报信息提交审核。
（2）窗口申请。申请人收到短信后5个工作日内向市民中心行政服务大厅西厅窗口提出申请，提交申请材料。
2.受理
窗口收文人员核验申请材料，当场做出收文决定。申请人符合申请资格，并材料齐全、格式规范、符合法定形式的，出具《收文回执》；申请人不符合申请资格或材料不齐全、不符合法定形式的，收文人员不予收文。
3.审核（1个工作日）
审查人员对材料进行审查。符合申请条件、材料齐全的，在1个工作日内提出审核意见，转报上级领导审核。申请材料不齐的，应在审查日内一次性告知申请人补齐申报材料，出具《补交告知通知书》。逾期告知的，自收文时起计算办理时限。申请人按要求补正后重新受理审查，自补交材料之日起重新计算办理时限。
4.审批（1个工作日）
审批人员自收到上报材料之日起1个工作日内做出审批决定。
5.办结（1个工作日）
自批准之日起1个工作日内出具《软件出口合同登记证书》。
6.送达
申请人按约定的方式到市行政服务大厅西厅综合窗口自取或以邮寄的方式领取办理结果。