网上办理流程：
1.申请：申请人通过广东省政务服务网深圳市查询申请事项后点“在线申请”，同时登录商务部商业特许经营信息管理系统http://txjy.syggs.mofcom.gov.cn/填写申报信息提交后在系统中打印申请材料，选择邮寄或前往深圳市政务服务中心大厅西厅综合窗口提交申请材料。 2.受理 窗口收文人员核验申请材料，当场做出收文决定。申请人符合申请资格，并材料齐全、格式规范、符合法定形式的，出具《收文回执》；申请人不符合申请资格或材料不齐全、不符合法定形式的，收文人员不予收文。 3.审核 审查人员对材料进行审查。符合申请条件、材料齐全的，在5个工作日内提出审核意见。申请材料不齐的，应在5个工作日内一次性告知申请人补齐申报材料，出具《补交告知通知书》。逾期告知的，自收文时起计算办理时限。申请人按要求补正后重新受理审查，自补交材料之日起重新计算办理时限。 4、审批　审批人员自收到上报材料之日起3个工作日内做出审批决定。 5、办结 自批准之日起2个工作日内出具《深圳市商务局关于报送**公司商业特许经营备案 申请材料的报告》； 6、送达　申请人按约定的方式到市行政服务大厅西厅综合窗口自取或以邮寄的方式领取办理结果。

窗口办理流程：
1.申请 （1）窗口申请。申请人收到短信后5个工作日内向深圳市政务服务中心大厅西厅窗口提出申请，从商业特许经营管理系统中打印材料并提交申请材料。说明：申请企业需登录商务部商业特许经营信息管理系统http://txjy.syggs.mofcom.gov.cn/注册填报相关资料提交审核，同时登录http://szes.commerce.sz.gov.cn注册填报相关资料提交审核。 2.受理 窗口收文人员核验申请材料，当场做出收文决定。申请人符合申请资格，并材料齐全、格式规范、符合法定形式的，出具《收文回执》；申请人不符合申请资格或材料不齐全、不符合法定形式的，收文人员不予收文。 3.审核 审查人员对材料进行审查。符合申请条件、材料齐全的，在5个工作日内提出审核意见，转报上级领导审核。申请材料不齐的，应在5个工作日内一次性告知申请人补齐申报材料，出具《补交告知通知书》。逾期告知的，自收文时起计算办理时限。申请人按要求补正后重新受理审查，自补交材料之日起重新计算办理时限。 4、审批　审批人员自收到上报材料之日起1个工作日内做出审批决定。 5、办结 自批准之日起1个工作日内出具《深圳市商务局关于报送**公司商业特许经营备案申请材料的报告》； 6、送达　申请人按约定的方式到市行政服务大厅西厅综合窗口自取或以邮寄的方式领取办理结果。